Zabiegi z dziedziny chirurgii stomatologicznej obejmują najczęściej ekstrakcje (usunięcia) korzeni lub całych zębów, w tym zębów zatrzymanych, złamanych i nie rokujących odbudowy. Czas i przebieg zabiegu jest indywidualnie omawiany z pacjentem i zależy w dużej mierze od rodzaju zęba, budowy, jego położenia i otoczenia. Dużą część informacji otrzymujemy dzięki badaniom radiologicznym.

W niektórych przypadkach istnieje możliwość kompromisowego leczenia zachowawczo-protetycznego bardzo zniszczonego zęba poprzez chirurgiczne wydłużenie zęba.

Z puli zabiegów chirurgicznych wykonuje się również: resekcje wierzchołków korzeni w przypadku nie gojących się zmian okołowierzchołkowych po leczeniu kanałowym, plastyki dziąseł, podcięcia wędzidełek przedsionka jamy ustnej i języka, plastykę połączenia ustno-zatokowego oraz leczenie ropni wewnątrzustnych zębopochodnych.