Leczenie choroby przyzębia ma u podstawy założenie wyeliminowania bakterii odpowiedzialnych za objawy choroby. Środki chemioterapeutyczne przyczyniają się do redukcji ich liczby. Wyróżniamy w tej grupie środki antyseptyczne i antybiotyki. Ze względu na sposób oddziaływania można zaliczyć je do grup o działaniu ogólnoustrojowym oraz miejscowym. Występują również pod różnymi postaciami: płukanek, żeli, maści bioadhezywnych, tabletek lub kapsułek.

Płukanki antyseptyczne wykazują szerokie spektrum aktywności. Nie uzyskują jednak satysfakcjonującego stężenia w głębszych rejonach kieszonek przyzębnych. Substancjami aktywnymi stosowanymi w płukankach są głównie chlorheksydyna, triklosan czy chlorek cetylpirydyny.

Środki o działaniu miejscowym w stałej formie podaje się głównie bezpośrednio do kieszonki by uzyskać większą koncentrację środka w miejscu objętym stanem zapalnym. Wśród tej grupy możemy wymienić: stosowaną poddziąsłowo chlorheksydynę, doxycyklinę, minocyklinę lub metronidazol.

Leczenie farmakologiczne jako terapia wspomagająca jest ściśle zindywidualizowane i oparte na podstawie wyjściowej sytuacji klinicznej pacjenta, naturze bakterii w biofilmie, zdolności penetracji środków chemicznych do ogniska zakażenia oraz bilansowi zysków i strat związanych z zastosowaną terapią. Ostatni punkt jest związany z możliwymi działaniami niepożądanymi, które mogą wystąpić po zastosowaniu leków. Wśród nich najczęściej występują reakcje alergiczne (anafilaksja), rozwój opornych szczepów bakteryjnych, interakcje z innymi lekami, problemy żołądkowo-jelitowe. Z tego względu tak ważny jest odpowiedni dobór terapii i dawki w oparciu o wywiad i badanie pacjenta szczególnie, że w chorobach przyzębia często zachodzi konieczność stosowania terapii skojarzonej.

Podstawą po wykonaniu podstawowych czynności diagnostycznych jest wykonanie badań mikrobiologicznych, najlepiej w formie badań PCR – polimerazowej reakcji łańcuchowej z celowanym antybiogramem. Wskazaniami do podania ogólnoustrojowego antybiotyków są głównie infekcje ostre lub nawracające postacie zapalenia przyzębia. W zwalczaniu infekcji florą patologiczną tkanek przyzębia najczęściej stosowane są skojarzenia antybiotyków np. Amoksycylina i Metronidazol lub Ciprofloksacyna i Metronidazol. Przeciętny czas stosowania wynosi od 8 do 21 dni.

Naturalnymi związkami stosowanymi wspomagająco w chorobach dziąseł i przyzębia są wyciąg z propolisu (działanie przeciwbakteryjne), szałwia (działanie przeciwzapalne), rumianek (działanie przeciwzapalne), pięciornik i kora dębu (działanie ściągające, przyspieszają gojenie). Przeciwbakteryjnie działa również tlen atomowy, powstający w trakcie rozkładu nadtlenku wodoru stosowanego w postaci 0,2% roztwóru wody utlenionej.